Karsten Alnæs er født i Hønefoss, oppvokst på Kampen i Oslo, men har også nær tilknytning til Kristiansund. Han har vært leder i Den norske Forfatterforening i flere perioder, kulturredaktør i Dagbladet, lektor i videregående og undervist på Journalisthøgskolen.
Han debuterte som forfatter i 1975 med romanen Veps, og har siden skrevet en rekke historieverk og mange historisk-biografiske romaner.
Med Trollbyen vant han Brageprisen og Bokhandlerprisen i 1992. I 2003 ble han tildelt Brageprisens hederspris. Han har også mottatt flere andre priser. Med fembindsverket Historien om Norge regnes Alnæs som en av våre viktigste formidlere av norsk historie. Han har også skrevet Historien om Europa (1300-1600).